В конечном итоге почти все сточные воды поступают в тот или иной естественный водоем. Свободный спуск неочищенных и необезвреженных сточных вод загрязняет и заражает естественные водоемы (реки, озера), лишает их значения как источников водоснабжения. Например, хозяйственно-фекальные или бытовые сточные воды изменяют физические свойства природной воды, делают ее мутной и обусловливают специфический запах. Взвешенные вещества сточной воды, оседая на дно, образует осадок — очаг вторичного загрязнения.
Органические вещества и осадок подвергаясь разложению, потребляют большое количество растворенного в воде кислорода, запасы которого постепенно истощаются и вода в водоеме загнивает. Со сточной водой в водоемы вносятся микроорганизмы кишечника, возбудители инфекционных заболеваний и зародыши гельминтов. Более разнообразно влияют на водоемы промышленные сточные воды. Сточные воды мясокомбинатов, шерстомоек, кожевенных, утилизационных и других заводов вносят органические загрязнения животного и растительного происхождения значительно в больших количествах, чем бытовые воды. Кроме того, эти воды нередко содержат патогенные микробы и яйца гельминтов. Со сточными водами металлообрабатывающей, химической и текстильной промышленности часто поступают вещества ядовитые для животных. Многие из них не разлагаются, и обезвреживание их наступает только в результате большого разведения до неядовитых концентраций.
Под влиянием сточных вод промышленных предприятий вода может изменять нейтральную реакцию на кислую или щелочную, приобретать ту или иную окраску, разные привкусы и запахи. Присутствие масла, жира, нефти образует на поверхности водоемов пленку, препятствующую доступу кислорода воздуха и делает невозможным использование водоема для забора воды и других целей.
Влияние спуска сточных вод на водоем бывает различным, зависит это от степени разбавления их, а также от особенностей водоема (проточная или стоячая вода, скорость течения). При всех условиях загрязнения, вносимые в водоем со сточными водами, не являются, стойкими и вода в результате процессов самоочищения постепенно может приобретать первоначальные свойства. Водоем выполняет роль очистного сооружения и поэтому не может быть использован для целей водоснабжения. Вот почему необходимо очищать и обезвреживать сточные воды еще до момента спуска их в водоем или в почву.
Мероприятия по охране водоемов от загрязнения сточными водами нашли отражение в советском законодательстве. Закон «Основы водного законодательства Союза ССР и союзных республик», утвержденный Верховным Советом СССР 10 декабря 1970 года, будет способствовать наиболее эффективному, научно обоснованному использованию вод и их охране, от загрязнения, засорения и истощения.
Регулирование спуска сточных вод входит в обязанность медицинского санитарного надзора. Эти правила также распространяются на ветеринарные учреждения и ветеринарно-санитарный надзор. Задача очистки сточных вод — улучшение их физических свойств и химического состава. Обеззараживание сточных вод имеет целью уничтожить находящиеся в них патогенные микроорганизмы. К сточным водам, спускаемым в водоемы, необходимо предъявлять ряд санитарных требований. Сточные воды не должны иметь гнилостного и другого резко выраженного запаха; примесей жиров и масел животного, растительного и минерального происхождения; ядовитых и вредных для человека, животных и рыб веществ, они не должны загнивать при хранении и т. д.
Сточные воды лечебно-санитарных и ветеринарных учреждений обязательно подлежат обеззараживанию до поступления в водоем.