В годы Великой Отечественной войны зоотехнические журналы не выходили и публикаций по теории разведения было очень мало.
После окончания войны Всесоюзный институт животноводства стал издавать журнал «Вестник животноводства». Через несколько лет этот журнал прекратил свое существование, но снова начали выходить журналы «Советская зоотехния» и «Социалистическое животноводство».
На развитие науки о разведении сельскохозяйственных животных большое влияние оказала августовская сессия ВАСХНИЛ в 1948 г. На этой сессии хромосомная теория наследственности была отвергнута и утверждена мичуринская биологическая теория. Зоотехники начали изучать труды И. В. Мичурина и Т. Д. Лысенко, которые до этого времени им были мало знакомы.
Определенное влияние на зоотехническую науку оказала и сессия ВАСХНИЛ в 1949 г., на которой провели резкое разграничение между племенным и пользовательным животноводством и была принята теория Т. Д. Лысенко о жизненности.
В работах по разведению сельскохозяйственных животных много внимания уделялось исследованиям роста, выращивания животных (В. Я. Бровар, П. Д. Пшеничный, А. И. Овсянников, А. П. Дмитроченко и др.). Оформление ряда пород сельскохозяйственных животных, выведенных в советское время, начиная с костромской породы крупного рогатого скота и породы владимирского тяжеловоза, повысило интерес зоотехников к воспроизводительному скрещиванию. По этому вопросу вышло много литературы, главным образом посвященной анализу некоторых фактов из практики выведения новых пород. Сюда следует отнести статьи и книги С. И. Штеймана, Л. К. Гребня, B. А. Бальмонта, В. М. Юдина, А. В. Васильева, К. Д. Филянского, Г. Р. Литовченко, Е. А. Арзуманяна и др. Издавались книги и о племенном деле в овцеводстве, в свиноводстве, в скотоводстве, племенные книги, монографии пород, учебники по частной зоотехнии и учебник по разведению сельскохозяйственных животных Е. Я. Борисенко (2-е издание). Определенный интерес представляли статьи Н. М. Замятина, О. А. Ивановой о гетерогенном подборе и О. В. Гаркави о работе с помесями, о методах работы с караваевским стадом, сборники Пушкинской лаборатории и др.
Итоги работы по племенному делу за эти годы подведены на XXXVII Пленуме ВАСХНИЛ. Основные докладчики В. М. Юдин, А. И. Овсянников касались основных теоретических положений разведения сельскохозяйственных животных, их доклады вызвали оживленную дискуссию.