Значительные различия в поведении паразитов проявляются в их специализации, т. е. в приуроченности к развитию на определенном круге питающих растений.
Общее положение здесь таково: облигатные паразиты, как правило, строго специализированы, поражая очень ограниченный круг растений, часто только один вид. Такие паразиты получили название монофагов. Например, возбудитель стеблевой головни ржи Urocystis occulta Rabh. приурочен лишь к единственному виду растения — ржи. Факультативные сапрофиты или факультативные паразиты очень мало разборчивы в выборе хозяев и способны развиваться на растениях, относящихся к различным видам, родам, семействам. Такие паразиты названы полифагами. Например, Botrytis cinerea Pers. — возбудитель серой гнили может развиваться почти на любом травянистом растении, особенно находящемся в ослабленном состоянии.
В отношении ржавчинных, мучнисторосяных и других облигатных паразитов считалось, что у них имеется широкая специализация, отражением которой является название видов паразитических грибов — Puccinia graminis Pers. (злаковая ржавчина), Erysiphe graminis DC. — злаковая мучнистая роса и др. Однако исследования показали, что эти и некоторые другие виды сборные, т. е. собраны из более мелких систематических единиц или форм, каждая из которых обладает своим более ограниченным кругом растений-хозяев. Эти мелкие единицы, на которые распадается вид, названы биологическими видами, сходными по своим морфологическим признакам, но отличающимися своей специализацией, т. е. способностью заражать те или иные виды растений (forma specialis). В свою очередь эти биологические виды распадаются на биологические расы, или биотип ы, которые отличаются своей специализацией не к определенному виду хозяина, но уже к сортам или линиям его.
Расчленение паразита в связи с его специализацией хорошо показано на примере линейной или стеблевой ржавчины пшеницы и злаковых трав. Возбудитель стеблевой ржавчины пшеницы был впервые описан на «хлебах» как Puccinia graminis Pers. Персоном в 1797 г. В XIX в. к кругу хозяев этого гриба присоединялись все новые и новые виды злаков, количество которых насчитывало свыше 100 видов, а болезнь привлекла к себе внимание исследователей своей вредоносностью. В 1896 г. Эриксон и Хеннинг разделили возбудителя стеблеЕой ржавчины на шесть биологических видов: f. sp. tritici — возбудитель стеблевой ржавчины пшеницы; f. sp. secalis— ржи; f. sp. avenae — овса и т. д. Позднее работами Стекмена и его учеников (1917 г. и позднее) эти биологические виды Эриксона постепенно расчленялись на биологические расы, которые стали обозначать римскими цифрами; этих рас или биотипов у возбудителя стеблевой ржавчины пшеницы установлено более 300. Обозначение одного такого биотипа стеблевой ржавчины такое — Puccinia graminis Pers. f. tritici, XV.
Знание специализации паразитических организмов, вызывающих болезни, кроме своего большого теоретического интереса (вопрос о происхождении этих малых систематических единиц, их географическом распространении и т. д.), имеет очень важное практическое значение для создания сортов, устойчивых к заболеваниям в определенной местности, для проведения агротехнических мероприятий по борьбе с различными болезнями и т. д.
Кроме видовой специализации возбудители болезней могут специализироваться на тех или иных органах и тканях своих растений-хозяев (это так называемая органотропная или тканевая специализация), Развитие одних возбудителей происходит на корнях, других — преимущественно на стеблях, третьих — главным образом на листьях, на мясистых плодах. Определяющим фактором во многих случаях является тип ткани, в других — возрастное состояние данной части растения. Приуроченность к развитию лишь на определенных органах растения у некоторых возбудителей выражена очень резко. Например, возбудитель спорыньи (Claviceps purpurea Tul.) паразитирует только на цветках злаков. Некоторые возбудители могут развиваться на ассимилирующих тканях, например ржавчинные грибы; паразиты сосудов, как, например, некоторые виды Fusarium и Verticillium, развиваются преимущественно в сосудистой системе растений и вызывают увядание их; мучнисторосяные грибы развиваются в эпидермальных клетках и т. д.