Оба вида отбора в селекции растений неразрывно связаны между собой.
Применяя искусственный отбор лучших растений из той или иной популяции, селекционер обязательно должен учитывать результаты предшествующего действия на нее естественного отбора. Из популяции, экологически не приспособленной к данным условиям возделывания, сорт вывести нельзя.
Подавляющее большинство селекционных сортов самоопыляющихся культур получено из естественных и гибридных популяций в результате однократного отбора и последующего размножения отдельных лучших растений. Но отбор не был бы творческим методом, если бы все его значение сводилось только к выделению родоначальных растений будущих сортов. На самом деле отбор обязательно включает подбор или искусственное создание исходных популяций. Это особенно хорошо видно при использовании метода сложной ступенчатой гибридизации, когда новый сорт создается в результате последовательного вовлечения в скрещивания большого числа подбираемых родительских форм и многократно повторяющегося накапливающего отбора.
При выведении сорта из естественной популяции однократный искусственный отбор накладывается на результаты длительного действия естественного отбора, в результате которого сформирован данный экотип. Лучшие растения, отбираемые из гибридной популяции от скрещивания двух родительских пар, могут стать родоначальниками будущего сорта только тогда, когда хотя бы одно из них экологически приспособлено естественным или искусственным отбором к возделыванию в условиях определенной местности.
Эффективность отбора определяется прежде всего генетическими различиями между особями, составляющими исходную популяцию. Возможности отбора тем больше, чем сильнее выражена гетерозиготность по данному признаку или свойству. По мере уменьшения гетерозиготности эффективность последующих отборов в том же направлении снижается. Если гетерозиготность исчерпана, действие отбора прекращается. Поэтому чем большим числом генов определяется признак или свойство, тем длительнее действует отбор.
Такие признаки, как остистость или безостость, красная или белая окраска колоса, наличие или отсутствие опушения колосковых чешуй у пшеницы, определяются одной парой генов, поэтому они закрепляются в создаваемых сортах в результате однократного отбора. Формирование признаков скороспелости, высокобелковости, устойчивости к нескольким расам какого-либо заболевания и многим другим болезням достигается в результате длительного естественного или многократно повторяемого искусственного отбора.