Почва (ее структура, обеспеченность питательными веществами и содержание органического вещества) является фактором, определяющим первичную продуктивность во многих регионах. Однако экология почвы, которая представляет собой основу экосистемы, все еще изучена недостаточно.
С точки зрения динамики питательных веществ в агроэкосистеме почву можно рассматривать как основное хранилище их запасов. Как и в других экосистемах, сложные взаимодействия между корнями, микроорганизмами и животными характеризуются как положительными, так и отрицательными элементами. При этом фауна почвы действует скорее как регулятор, а не активный редуцент. Результаты многочисленных исследований по микоризным грибам свидетельствуют о том, что мутуализм между растениями и грибами может иметь существенное значение для сельскохозяйственных культур. Рассеивание микоризных спор членистоногими указывает на важность и мутуалистических ассоциаций, и почвенного регулирования. Согласно имеющимся данным, почвенные членистоногие могут играть существенную роль в распространении микоризных грибов.
Химические и механические нарушения в агроэкосистемах оказывают влияние на биотические и абиотические компоненты подсистемы разложения органических веществ и растительных остатков, а их влияние накладывается на обычные фенологические циклы во флоре и фауне. Вклад различных методов обработки почвы в ее биоту остается не всегда до конца понятным (Мур и др., в печати). Исследования в системах, в которых применяют нулевую обработку почвы, могут дать более обнадеживающие данные для идентификации положительных взаимодействий в почве. В общем случае нулевая обработка почвы создает более благоприятные условия для биоты в почве и подстилке: растительные остатки находятся на поверхности почвы, что снижает потерю запасов влаги и обеспечивает непрерывный субстрат для редуцентов; по мере выделения питательных веществ поступление органического вещества становится более постепенным; в условиях нулевой обработки взаимодействия в фауне являются, вероятно, более продолжительными и имеют более существенное значение при регулировании скорости разложения растительных остатков. В свою очередь, рост корней может увеличиться благодаря возрастанию активности беспозвоночных.
Сорняки и их остатки, рост которых подавляется при обычной обработке почв, действуют в системах с нулевой обработкой почв как промежуточные хранилища питательных веществ. Исследования, направленные на разработку оптимальных методов использования растительных остатков, должны раскрыть также взаимодействия между сельскохозяйственными растениями и сорняками, которые являются полезными с точки зрения динамики поступления питательных веществ в растения. Наряду с этим необходимо количественно оценить многие промежуточные процессы.
В этом кратком обзоре положительных взаимодействий в агроэкосистемах предполагается, что взаимовыгодные взаимосвязи достаточно обширны даже в системах возделывания полевых культур. По нашему мнению, исследования по изучению положительных взаимодействий в агроэкосистемах будут продолжать расширяться. Эти взаимовыгодные, или мутуалистические, взаимодействия являются характеристиками саморегулирующихся экосистем. Они показывают, что термин «экосистема» вполне пригоден для систем возделывания полевых культур и что агроэкосистемы отличаются от других экосистем по степени развития определенных процессов, а не по их типу.