Плавленые сыры вырабатывают главным образом из зрелых сыров. Поэтому их основная микрофлора состоит из молочнокислых стрептококков и палочек, перенесших температуры плавления, а также споровых бактерий, вызывающих вспучивание сыра. Количество бактерий в свежих плавленых сырах обычно не превышает сотен или тысяч клеток в 1 г.
В плавленых сырах не содержится молочного сахара. Поэтому развитие молочнокислых бактерий в них не может происходить в заметных масштабах. Но могут развиваться маслянокислые бактерии, сбраживающие соли молочной кислоты — лактаты. Установлено, что с целью подавления маслянокислых бактерий в плавленые сыры целесообразно вводить антибиотик низин, а также закваски, содержащие бактерии, вырабатывающие низин.