Выделенный вирус необходимо идентифицировать, т. е. установить, какой это вирус
(семейство, род, вид). Идентификацию неизвестного (выделенного) вируса проводят с помощью серологических реакций: РТГА, РТГАд, PH, РИФ, ИФА, РНГА, РСК, РДП и др.
При этом выделенный вирус используют как антиген и с ним в серологических реакциях применяют специфические сыворотки, содержащие антитела к заведомо известным вирусам. Та сыворотка, с которой выделенный вирус будет давать положительную реакцию (образование комплекса антиген + антитело), и укажет, какой это вирус.
Важно правильно выбирать серологическую реакцию. Каждая лаборатория предпочитает те или иные методы, основываясь на чувствительности, специфичности, скорости, удобствах и стоимости. Так, если вирус выделили на культуре клеток и он дает гемадсорбцию, то проще и быстрее его идентифицировать в РТГАд. Например, вирус ПГ-3 крупного рогатого скота дает гемадсорбцию с эритроцитами морской свинки и может быть идентифицирован в РТГАд. Вирусы, обладающие гемагглютинирующей активностью, целесообразно идентифицировать в РТГА.
Для идентификации выделенных вирусов используют РИФ, ИФА, РНГА, РДП, РСК. Наиболее универсальной и дающей более достоверные результаты при идентификации выделенных вирусов является PH, в которой используют те же живые чувствительные системы, на которых и был выделен исследуемый вирус.
Применение моноклональных антител с определенной специфичностью позволяет проводить идентификацию многих вирусов до уровня подтипов, штаммов или вариантов. Для обнаружения и идентификации вирусов кроме серологических реакций используют прямые методы идентификации вирусных нуклеиновых кислот: ДНК-, РНК-зонды, полимеразную цепную реакцию (ПЦР). С. их помощью выявляют нуклеиновые кислоты вирусов.