При многократном индивидуальном отборе у перекрестноопыляющихся растений, чтобы исключить нежелательное влияние отцовских родительских форм, применяют так называемый метод половинок (остатков).
Он позволяет контролировать отбор не только по материнской, но и по отцовской линии. Сущность его состоит в том, что урожай каждого элитного растения делят на две части (половинки). Одну из них высевают в селекционном питомнике, а другую сохраняют в резерве. Семена лучших потомств, выделившихся в селекционном питомнике, вследствие их опыления неизвестными отцовскими формами для посева в следующем году не используют. Селекционный питомник в следующем году засевают семенами резервных половинок. Ка третий год в этом питомнике высевают семена половинок урожая тех растений, потомства которых в предыдущем году были лучшими, и от лучших отобранных растений (вновь собирают семена, разделяя их на две части, и т. д. При этом методе каждый цикл отбора, несмотря на его длительность, дает более существенное изменение признака, чем каждый цикл простого семейного отбора. Благодаря своим достоинствам он получил широкое распространение в селекционной работе. Длительное и систематическое применение метода половинок позволяет добиться в популяции существенных сдвигов в нужном направлении.
Примером эффективности этого метода является создание высокоурожайных сортов озимой ржи Восход 1 и Восход 2. Метод половинок эффективно используется, в семеноводстве районированных сортов ржи, где требуется сохранить на высоком уровне продуктивность и другие ценные признаки сорта, а по возможности и улучшить их.
Индивидуальный отбор при длительном и систематическом его проведении позволяет добиваться в популяциях перекрестноопыляющихся растений существенных сдвигов в желательном для селекционера направлении.
У перекрестноопыляющихся растений индивидуальный отбор можно эффективно применять, используя гетерозис. При этом семьи, отбираемые на высокое содержание какого-либо вещества, например сахара у сахарной свеклы, скрещиваются между собой для повышения продуктивности. Многие лучшие сорта сахарной свеклы, подсолнечника, озимой ржи и других перекрестноопыляющихся культур выведены методом многократного индивидуального отбора.