Отбор выдающихся деревьев кедровых сосен только по одному показателю — высокому урожаю семян — не охватывает всего природного разнообразия форм вида по селектируемым признакам семеношения.
С целью более полного и эффективного использования генофонда на орехопродуктивных плантациях отбирают особи с выдающимися показателями размера шишек и количества семян в них (крупношишечные), размера и массы 1000 шт. семян (крупносемянные). Размер шишек и масса семян не коррелируют с развитием кроны, поэтому отбор форм с высокими их значениями проводится по прямым признакам и ограничен во времени, так как возможен лишь при наличии урожая. Он проводится в период завершения созревания урожая, по опавшим шишкам или по шишкам в кроне.