Классификация и построение филогенетической системы грибов относятся к наиболее сложным теоретическим проблемам микологии и фитопатологии и поэтому в разное время были предложены как русскими (X. Я. Гоби, Н. В. Сорокин, А. А. Потебня, И. Л. Сербинов, А. А. Ячевский и др.), так и зарубежными (А. Де Бари, О. Брефельд, Р. Саккардо, Н. Клемент и К. Шир и др.) учеными различные системы классификации этих организмов.
Однако до сих пор мы не имеем филогенетической системы грибов, достаточно обоснованной и принятой всеми учеными.
В настоящее время более распространена система, по которой все грибы как отдел растений (Fungi или Eumycetes) делятся на четыре класса.
- I класс-фикомицеты (Phycomycetes). Мицелий большей частью неклеточиый (песептированный) со многими ядрами, у наиболее примитивных зачаточный или совсем отсутствует. Половой процесс оогамия или загогамия, а иногда в виде копуляции двух подвижных гамет. Продукт полового процесса зигота переходит в состояние покоя.
- II класс — аскомицеты, или сумчатые, грибы (Ascomycetes). Мицелий хорошо развитый, членистый. Основной орган спороношения — сумка, внутри которой развивается обычно по восемь сумкоспор. Бесполое размножение конидиями разнообразной формы.
- III класс — базидиомицеты, или базидиальные грибы (Basidiomycetes). Мицелий многоклеточный. Основной орган спороношения базидия, на поверхности которой экзогенно образуются базидиоспоры.
- IV класс — несовершенные грибы (Fungi imperfecti). Мицелий, как у сумчатых и базидиальных грибов, но размножаются только бесполым путем — конидиями. Половое спороношение неизвестно.
Представители первого класса относятся к низшим грибам, а остальные три класса — к высшим. Среди них особое место занимают несовершенные грибы, которые по строению мицелия относятся к высшим грибам, но не имеют ни сумчатого, ни базидиального спороношения. Некоторые микологи считают несовершенные грибы лишь временной группой неопределенного систематического положения.
Следует отметить, что до недавнего времени самые примитивные формы низших грибов выделялись в самостоятельный класс архимицетов. Сейчас их объединяют вместе в один класс фикомицетов.