Процессы накопления первичной и вторичной микрофлоры в сыре в отличие от кисломолочных продуктов резко разграничиваются, так как сыр после формования является замкнутой микробиологической системой.
Основными источниками первичной микрофлоры сыра являются молоко, закваски и оборудование. Остальные источники (сычужный порошок, соль), по существу, не имеют практического значения.
В настоящее время сыр в основном готовят из пастеризованного молока. С учетом необходимости получения молока с нужными физикохимическими свойствами температура пастеризации его в сыроделии установлена значительно ниже, чем при производстве кисломолочных продуктов (70—72 °С с выдержкой 15—20 с). При таких режимах пастеризации молока достигается почти полное уничтожение кишечной палочки, но остается значительная часть термостойких микроорганизмов, в первую очередь молочнокислых стрептококков (до миллионов в 1 мл), а также молочнокислых палочек (термоустойчивых, термофильных и мезофильных типа сырной палочки). Количество этих микроорганизмов в пастеризованном молоке находится в прямой зависимости от микробиологического состава сырого молока.
Термостойкие молочнокислые бактерии попадают в молоко с частицами навоза и с аппаратуры. Количество их в сыром молоке увеличивается в результате размножения, если молоко не подвергают немедленному охлаждению после доения. Поэтому содержание термостойких молочнокислых бактерий в сыром молоке зависит прежде всего от санитарно-гигиенических условий получения молока и условий последующего его хранения. Эти же условия определяют и содержание в сыром молоке таких важных возбудителей пороков сыра, как кишечная палочка и маслянокислые бактерии. Если первая группа в результате пастеризации в основном гибнет, то на споры маслянокислых бактерий она не оказывает никакого воздействия.
Закваска также является существенным источником первичной микрофлоры сыра. Закваску молочнокислых бактерий в зависимости от вида сыра вносят в количестве 0,2—1 %. Внесение закваски обогащает каждый миллилитр молока миллионами клеток микроорганизмов.
При производстве швейцарского и советского сыров применяют также закваски пропионовокислых бактерий (1 мл на 1000 л молока). Созревание некоторых видов сыров (рокфора, закусочного) невозможно без участия плесеней, поэтому при выработке этих сыров в молоко или в сырную массу вносят культуры синезеленой или белой плесени.
Оборудование сыродельного цеха может служить существенным источником обсеменения молока микроорганизмами. Особую опасность из микроорганизмов, попадающих в молоко с оборудования, представляют бактерии группы кишечной палочки и бактериофаг.
Первые микроорганизмы являются возбудителями раннего вспучивания сыров и снижают санитарно-гигиеническое качество готовой продукции.
Вторая группа подавляет молочнокислый процесс, что позволяет развиваться вредной микрофлоре. Особенно много этих микроорганизмов на оборудовании, если его не моют после каждой выработки сыра.