Из болезней укропа в течение многих лет наблюдений и микофлористических обследований коллекционных и производственных посевов (1973—1984 гг.) наибольший вред культуре причиняли: фомоз, церкоспороз, увядания — фузариозное, вертициллезное, бактериальное, мучнистая роса, в период всходов — черная ножка.
Широко распространен, вредоносен во всех зонах обследования (Нечерноземье, Центральный Черноземный район, Краснодарский край, Украина, Поволжье, Центральная зона БАМ и др.). Развивается болезнь преимущественно во второй половине лета на взрослых плодоносящих и семенных растениях или ранней весной на всходах в виде компонента при черной ножке, вызывающей гниль основания стеблей всходов.
Возбудитель болезни — гриб Phoma anethi (Pers. et Fr.) Sacc. Поражает стебли, листья, зонтики, семена, даже корни и сосуды стеблей и корней. На стеблях образуются темные удлиненные пятна с многочисленными черными точками пикнид. Иногда поражение имеет вид черных полос, расположенных продольными рядами на стеблях или вдоль жилок на листьях, реже на корнях. Пикниды шаровидные, полупогруженные, и собраны в стромовидные образования. Из пинкид при наличии влажности выходят дымом или «усиками» мелкие многочисленные споры. Они быстро распространяются с каплями дождя, ветром, насекомыми. За лето гриб образует много поколений, вызывая массовые перезаражения новых растений на разных этапах онтогенеза. Особенно сильно поражаются семенники, в результате чего семена теряют всхожесть и несут инфекцию.
Инкубационный период болезни 14—15 дней. Сохраняется гриб преимущественно на семенах и растительных остатках. С зараженных семян гриб проникает в подсемядольное колено и поражает всходы в виде черной ножки в ранневесенний период. Предшествует развитию фомоза, как правило, проявление церкоспороза, он рассматривается как конидиальная стадия болезни, и экспериментально доказано, что обе стадии генетически связаны.