Все сказанное о функциональной эволюции растений в целом и о роли отдельно взятых функций имеет непосредственное значение для онтогенеза. Адаптации нельзя представить вне конкретного носителя, и таковым для функционального приспособления является индивидуум растений с его онтогенезом. Функциональные приспособления повышают надежность онтогенетического уровня, а через него — и популяционно-видового.
Онтогенез (индивидуальное развитие) — срок жизни индивидуума, комплекс его дифференцировок и реакций с момента образования зиготы (или какого-либо другого зачатка) до полного завершения жизненного цикла растения — основной объект изучения ряда ботанических дисциплин. Онтогенез более или менее полно изучен лишь у ограниченного числа цветковых растений, поэтому еще недостаточно ясна и картина его эволюции, хотя этому вопросу уделялось внимание (В. В. Скрипчинский, М. X. Чайлахян и др.).
Онтогенез не только результат филогенеза, но и его основа. Онтогенетические дифференцировки имеют значение для филогенетических событий — формирования новых таксонов, органов и структур. Эволюция жизни тесно связана с преобразованием онтогенеза, так как «развитие онтогенеза есть средство, которым была достигнута эволюция новых, более высоких форм жизни».
Эволюция онтогенеза — одна из проблем учения о макроэволюции. В этой связи интересно проследить роль микроэволюционных процессов в преобразовании онтогенеза растений, его регуляторных механизмов. Онтогенез первично появляется на заре жизни (А. Н. Северцов его появление связывал с колониальными одноклеточными) и усложняется по мере ее эволюции.