Для постановки диагноза анализируют состояние биохимической провинции, содержание кобальта в почве, кормах и тканях животного (печени, крови, молоке), клиническую и патологоанатомическую картину, а также результаты исследования витамина B12 в крови и печени заболевших животных.
Для проведения экспресс-диагностики гипокобальтоза овец можно использовать гидрофильную пробу Мак Клюра и Ольдрича.
Дифференциальная диагностика гипокобальтоза трудоемкая, патогномонические симптомы болезни отсутствуют. Недостаточность кобальта нужно дифференцировать от акупроза, недостатка марганца, алиментарной анемии и остеодистрофии, хронической формы кетоза, паратуберкулеза. Следует исключить белковое, минеральное и витаминное голодание животных.
Недостаток меди и марганца диагностируют по клиническим симптомам и лабораторным исследованиям кормов, крови и тканей животных, алиментарную остеодистрофию — по результатам рентгенографии костей, алиментарную анемию — по данным исследований крови и костного мозга, нарушения обмена веществ — по результатам клинико-лабораторных исследований крови, молока и мочи больных животных. Паратуберкулез у крупного рогатого скота и овец исключают по эпизоотологическим данным, симптомам болезни и аллергической пробе с птичьим туберкулином.