Проявляется болезнь в виде сухих черных вдавленных пятен, покрывающихся темным налетом. В случае заражения верхушки корнеплода гниль быстро распространяется в сердцевину корнеплода, вызывая разрушение ткани и образование пустот.
При поражении коровой паренхимы на боковых частях корнеплода гниль распространяется обычно по поверхности, проникая вглубь на 1,5—2 см. На маточниках наблюдается преимущественно верхушечная гниль, развитие которой обеспечивается наличием почти постоянной инфекции на месте обрезки черешков. На корнеплодах продовольственной моркови, на которой черешки листьев полностью срезаются, гниль возникает обычно на боковых частях корнеплодов и не является такой опасной, как на маточниках.
Черная гниль моркови вызывается грибами Alternaria radicina М. D. et E. и Stemphylium botryosum Wallr. из класса несовершенных, каждый из которых может вызвать это заболевание. Конидиальное спороношение гриба проявляется на пораженной ткани в виде пушистого налета, вначале светло-серого цвета, постепенно темнеющего, впоследствии налет становится черным. Конидии темноокрашенные, с поперечными и продольными перегородками. Гриб сохраняется в почве на растительных остатках, на отходах моркови в местах хранения и на семенах. Заносится инфекция с поля на корнеплодах.
В поле заражаются всходы, а также черешки листьев у основания, поэтому особенно часто инфекция заносится с маточными корнеплодами, на которых сохраняются черешки. В хранилище болезнь обнаруживается вскоре после закладки корнеплодов на хранение. С черешков инфекция переходит на верхушку корнеплода. После образования конидиального спороношения на пораженной ткани новое заражение корнеплодов происходит с помощью конидий, распространяющихся воздушным путем.
Развитию болезни способствуют повышенная температура, высокая влажность, недостаточная вентиляция.
В борьбе с черной гнилью имеют значение правильные условия храпения, а для маточных корнеплодов — осеннее профилактическое опыливание их химическими препаратами.