Без применения соответствующих мер борьбы различные болезни и вредители могут не только снизить урожай шампиньонов, но и полностью уничтожить его.
Компост, покровный материал, мицелий шампиньона, его плодовые тела являются благоприятной средой для развития различных плесневых грибов, бактерий, насекомых и других вредителей.
Среди плесневых грибов, встречающихся в шампиньонных хозяйствах, одни («индикаторные плесени») развиваются на поверхности компоста вследствие его неправильного компостирования; другие (типичные паразиты) — на поверхности мицелия или плодового тела шампиньона. Паразитные плесневые грибы могут наносить существенный ущерб шампиньонным хозяйствам. Шампиньоны повреждаются также большим количеством насекомых, которые размножаются очень быстро, изгрызают плодовые тела, уничтожают мицелий на грядах на значительной площади шампиньонниц. При второй и последующих инокуляциях вредители развиваются в еще больших количествах.
Бороться с массовыми грибными болезнями и вредителями очень трудно, так как многие химические средства уничтожают и шампиньоны. Кроме того, большинство патогенных организмов живет и размножается в компосте на грядах, куда не проникают никакие препараты. Необходимо учитывать и то, что многие химические вещества не могут быть применены в период плодоношения, так как они ядовиты для человека. Многие заболевания шампиньона еще хорошо не изучены и пока не найдены эффективные средства борьбы с ними. Необходимо детально изучить биологию возбудителей болезней и вредителей этого гриба, чтобы разработать меры борьбы с ними.