Применение биогербицидов для борьбы с сорняками не получило еще распространения, однако достигнутые при применении антибиотиков, токсинов и грибных препаратов успехи свидетельствуют об их высокой эффективности.
Так, антибиотик бластицидин хорошо справляется с заразихой на посевах арбузов, токсины и актцномицеты уничтожают щирицу, грибные препараты В-1, В-2, Е-7 губительно действуют на многие сорняки. Специфический грибок фузариум оробанхе поражает заразиху и не вредит подсолнечнику. Используют также специфические болезни сорняков. Например, ржавчина пукциния суавеолинс повреждает осот, но не вредит хлебам.
Для борьбы с сорняками уже несколько десятилетий используют фитофагов. Так, личинки мушки фитомизы (Phytomyza orobanchia Kalt.) повреждают семена и стебли заразихи. С этой целью заготавливают коробочки заразихи с куколками фитомизы, просушивают их под навесами и хранят при температуре 6-7 °С. Весной мешочки (по 100 штук куколок) с фитомизой развешивают на кольях из расчета 1 мешочек на 1 га.
Заразиха заражает около 120 видов растений, в том числе подсолнечник, табак, тыквенные, зонтичные, сложноцветные, крестоцветные и другие культуры. Это растение-паразит прикрепляется своими присосками (гаусториями) к корневой системе растения-хозяина и высасывает воду и растворенные в ней питательные вещества. При сильном заражении это приводит к гибели культурных растений. В одном соцветии заразихи образуется до 25 000 семян, которые сохраняют всхожесть до 15 лет. В борьбе с этим сорняком не дали положительных результатов ни ручная прополка, ни применение различных химических препаратов. Наиболее перспективным оказалось использование мухи фитомизы.
Среди естественных врагов амброзии обнаружено более 400 видов специализированных амброзиевых гербифагов: насекомых, клещей, возбудителей болезней. Это листогрызущие виды (амброзиевые листоеды, слоники, листовертки, совки) галлицы (Asphondilia ambrosiae и Rhopalomyia ambrosiae), Euaresta bella, питающийся амброзиевыми семенами; ложный слоник Trigonorhinus, повреждающий мужские цветы амброзии. Все амброзиевые фитофаги контролируют амброзию на ее родине — в Северной Америке, где этот сорняк не считается помехой.
В США и Австралии для борьбы со зверобоем и молочаем на полях используют некоторых листогрызов и корнеедов, завезенных из Англии и Франции. Эффективным в США оказалось и применение долгоносика, также завезенного из Европы, для борьбы с чертополохом.
В Таджикистане для регуляции распространения карантинного сорняка горчака ползучего (розового) (Acroptilon repens) используют горчаковую нематоду (Paranguinapicridis). Фитофаг вводят в почву в виде водной суспензии инвазионных личинок, которую получают путем мацерации собранных из корней растений галл. Массу размятых галл равномерно раскладывают на сите и закрепляют в сосуде. Затем наливают воду выше их уровня. Через 4-6 ч водной суспензией, содержащей нематоды, можно опрыскивать почву. В среднем из 100 г сухих галл в воду выходят около 8,5 млн инвазионных личинок. Количество зараженных растений достигает 60%.
Против повилики используют повиликовую муху и специальные виды долгоносика.